Un nuovo studio che dimostra la scoperta di 48 varianti del Sars-Cov-2, e porta anche la firma della farmacologa, Anna Maria Rachiglio, é stato pubblicato sulla rivista scientifica Journal of Translation Medicine.

Il protocollo di ricerca è stato approvato dall’Institutional Review Board (IRB) dell’Istituto Nazionale Tumori “Fondazione Giovanni Pascale”.

I campioni di RNA SARS-CoV-2 sono stati raccolti presso il Dipartimento di Scienze Mediche Traslazionali dell’Università degli Studi di Napoli “Federico II” e sono stati ottenuti attraverso i tamponi nasofaringei di 27 individui. Le persone sono risultati positive al test diagnostico Real-Time PCR standard SARS-CoV-2. Il periodo di riferimento é quello che va dal 12 marzo e il 27 aprile 2020.

Ma dallo studio apprendiamo anche che dal primo sequenziamento completo del genoma di SARS-CoV-2 (dicembre 2019), sono stati inseriti nel database GISAID più di 550.000 genomi. Inoltre che “il sequenziamento del genoma SARS-CoV-2 potrebbe consentire l’identificazione di varianti con maggiore contagiosità”, oltreché diversi modelli clinici e/o “diversa risposta ai vaccini”.

Si parla dunque di un metodo basato sul “sequenziamento di nuova generazione (NGS) altamente automatizzato” che potrebbe facilitare una “sorveglianza genomica attiva” del virus Sars-Cov-2.

I dati raccolti riguardano soggetti residenti nella città di Napoli, ma anche nei comuni limitrofi, 4 erano provenienti da piccoli comuni della provincia di Caserta. Di questi 11 erano femmine e 16 maschi, con un’età media di 56 anni (range 23-84). Nove casi erano asintomatici al momento del tampone, 10 con sintomi lievi e 8 in unità di terapia subintensiva o intensiva. Due casi invece avevano entrambi sintomi lievi e sono stati testati a seguito di uno stretto contatto.

“Questo studio – scrivono gli scienziati – è una prima osservazione di varianti rilevate nella regione Campania; una regione meno colpita delle regioni del Nord italiane nella prima fase della pandemia in Italia. In particolare, abbiamo riportato la circolazione di diverse varianti all’interno della provincia di Napoli e l’eterogeneità dei diversi ceppi circolanti tra e all’interno del comune. Inoltre, una nuova tecnologia automatizzata come il sistema Ion Torrent Genexus Integrated ha consentito il sequenziamento completo del genoma anche di campioni con titolo virale relativamente basso in un lasso di tempo relativamente breve, facilitando così la sorveglianza continua di nuove varianti”.

Il protocollo di sequenziamento rapido del virus fornisce la possibilità di ricevere la completa successione del virus entro le 24 ore dall’effettuazione del tampone molecolare. I laboratori sono quelli dell’Istituto Pascale. Ma la ricerca, finanziata dalla Regione Campania, deriva dalla sinergia d’intenti e di forze del Pascale, l’Università Federico II e l’Istituto Superiore di Sanità.

Altre firme della ricerca, voluta dal direttore scientifico dell’Istituto dei tumori di Napoli, Gerardo Botti, sono: Ernesta Cavalcanti, Luca De Sabato, Cristin Roma, Michele Cennamo, Mariano Fiorenza, Daniela Terracciano, Raffaella Pasquale, Francesca Bergantino, Gabriele Vaccari, Giuseppe Portella, Nicola Normanno.

“I campioni di RNA – come leggiamo all’interno dello studio – sono stati estratti da 1 ml di tampone rinofaringeo utilizzando il sistema di preparazione dei campioni Abbott marcato CE (Abbott Laboratories, Abbott Park, IL), un metodo a base di particelle di ferro per la preparazione dell’RNA. Per rilevare l’RNA virale, i campioni sono stati analizzati utilizzando il test Abbott Real Time SARS-CoV-2, un test di reazione a catena della polimerasi a trascrizione inversa in tempo reale (rRT-PCR) sul sistema Abbott m2000, seguendo le istruzioni del produttore. Il saggio Abbott Real Time SARS-CoV-2 è un saggio a doppio bersaglio per i geni RdRp e N. Le due sonde specifiche per SARS-CoV-2 sono etichettate con lo stesso fluoroforo. È stato riportato che il test rileva 100 copie virali/ml (3,1 genoma equivalente/reazione) con una sensibilità del 95,2%.

…Il genoma completo (100%) di SARS-CoV-2 è stato ottenuto con successo per 21/27 campioni. In particolare, il genoma completo è stato completamente sequenziato per tutti i 15 campioni con titolo virale alto (> 200 copie/µl), per i due campioni con numero di copie del genoma virale < 200 ma maggiore di 20, e per 4/10 campioni con un carica virale < 20 copie virali. Le sequenze complete del genoma classificate nei lignaggi B.1 e B.1.1 SARS-CoV-2. Rispetto al ceppo di riferimento Wuhan-Hu-1, sono state osservate 48 varianti nucleotidiche totali con 26 sostituzioni non sinonime, 18 sinonime e 4 riportate in regioni non tradotte (UTR). Dieci delle 26 varianti non sinonime sono state osservate in ORF1ab, 7 in S, 1 in ORF3a, 2 in M ​​e 6 in N geni”.

In definitiva il sistema Genexus ha avuto successo anche nei casi con basse copie virali. “L’uso di questo sistema altamente automatizzato – leggiamo ancora dalla ricerca – potrebbe facilitare la standardizzazione dei protocolli di sequenziamento SARS-CoV-2 e rendere più rapida l’identificazione di nuove varianti durante la pandemia”.

https://translational-medicine.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12967-021-02912-4.pdf

https://translational-medicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12967-021-02912-4